1、指代不同。NTFS：是 Windows NT 环境的文件系统。新技术文件系统是Windows NT家族的限制级专用的文件系统。exFAT：是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、Windows Mobile5、6、6.1）中引入的一种适合于闪存的文件系统，为了解决FAT32等不支持4G及其更大的文件而推出。
2、优缺点不同。NTFS：对FAT和HPFS作了若干改进，例如，支持元数据，并且使用了高级数据结构，以便于改善性能、可靠性和磁盘空间利用率，并提供了若干附加扩展功能。exFAT：采用了自由空间位图负责容量分配，删除与写入性能得到最大限度地改进。
3、支持存储空间不同。NTFS：NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2TB。而Windows2000中的FAT32支持分区的大小最大为32GB。exFAT：单文件大小最大可达16EB（18,446,744,073,709,551,616字节，（理论值,16×1024×1024TB），1TB=1024G）。
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