清华大学研究生院于1984年6月正式成立，是我国1978年恢复研究生教育制度后， 清华大学在全国高等院校中首先组建的研究生院。在1995年全国首次研究生院评估中，清华大学研究生院名列榜首。究生院已形成了以理工科为主，兼有文、史、哲、法、经济及教育等学科门类比较齐全的培养格局。并在全国首批获得自行审批在职人员以同等学力申请博士、硕士学位授予权；同时，也是全国首批开展培养工程类型硕士和工商管理硕士(MBA)的试点单位；已成为我国全面实施《中华人民共和国学位条例》，造就高层次专门人才的重要培养基地。在学校的统一领导下，研究生院进行了“保留研究生入学资格”、“培养论文博士生”、“研究生参加社会实践”、“博士生兼任助教”以及“优秀本科毕业生直接攻读博士学位”等一系列改革试验，着重加强了导师队伍、公共课程、实践基地和重点学科等四项基本建设。
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